大多數養水族的人，當魚兒生病時，都是向水族店求助。但據水族玩家表示，賣魚的人不見得會替魚看病，有些藉機推銷「高貴藥」撈一筆，更有些「蒙古大夫」亂下藥，害死了魚兒順便再促銷新魚。因此，自已學著當個魚大夫，是養水族的必修課程。

預防魚兒生病重於治療。水族箱裡的水質，猶如人類的空氣。因此，當發現魚兒騷動不安或緊縮魚鰭，就顯示牠們的排洩物在水中的累績已超過能忍受的程度；這時最好的辦法就是換水。當抽換四分之一至二分之一的水之後，不僅能減少水中會對魚類的生理造成傷害的化合物比重；同時，漂浮在水中病原性微生物密度也會降低，相對的刺激魚兒產生抵抗力。

「加溫」也是好辦法。提升水溫一方面能幫助降低魚兒在能量上的耗損，增加抵抗力，另一方面可以用來消除或阻斷某些病原生物的生殖周期，其中以消除造成魚體白點病的纖毛蟲最為有效。

此外，勤洗過濾器材，能防止雜菌叢生，這是魚兒健康長壽的不二法則。

魚族最容易得的病，就是寄生蟲侵擾，包括魚蚤和錨蟲。這些寄生蟲常聚集在魚的胸鰭，會讓魚兒不時摩擦池底、焦躁、不食，最後因體衰產生併發症死亡。治療寄生蟲，水族界大都用福馬林、醋酸和有機磷劑，這些藥劑在農會或化學材料店均可購得，唯使用時需注意安全劑量、藥浴時間與說明。

如果水族箱水質惡化，魚兒就很容易感染細菌而生病；在搬運魚兒時，常會因衝撞造成魚體受傷或掉鱗傷鰭而感染。針對這類細菌性病症，市售磺氨藥劑、氯黴素、四環黴素及新黴素等，都有療效。但也有醫學界擔心，如果濫用廣效性抗生素，可能引起抗藥性，但截至目前為止，水族界仍認為抗生素是治療魚病的主角。

除了上述藥浴方式之外，也有水族界以局部治療方式來處理魚體外傷，其中以錦鯉最普遍，包括使用紅汞，碘酒和副腎上素軟膏等，唯施用前需先把患處擦乾。

餵病魚口服藥也是一種加速效果的療法，但也限於較大體型的魚。此外，急救時採注射法亦常被水族界運用，包括將抗生素注入胸鰭下方隆起處或體側肌肉內。在日本，也有錦鯉做靜脈注射的紀錄，是施打在魚尾靜脈中。

至於將外科手術用於魚兒，倒是近年來新興行業。其中以錦鯉的刮除雜紋及紅龍的鰭型美容手術居多，惟這種方式不適於一般養魚人。

病魚還可以做物理治療！有許多養紅龍的人常發現，在餵食活魚後，紅龍會因追逐牠們而得眼下斜症，頓失價值。於是水族界用紅色浮球漂浮在水面，或乾脆在水族箱上方懸一隻蟑螂，吸引牠往上「眺」，久而久之，竟也有效的治好了眼下斜症。